九三学社于1953年开始在华东药学院（我校前身）进行宣传和组织工作。1953年12月，建立了由市属支社领导的九三学社华东药学院小组。1954年5月4日，成立直属于市社的九三学社华东药学院小组，汪积恕任组长，成员6人，均为正副教授。1956年成员增加到15人，正式成立九三学社南京药学院支社小组，汪积恕任组长，金理文任副组长。在院党委领导下，努力学习，开展活动，在教学科研工作中发挥了积极作用。“文革”中停止活动。党的十一届三中全会以后于1980年初恢复活动。由于成员不断增加，原有支社小组的形式已不适应工作需要，遂于1982年5也2日成立了九三学社南京药学院支社，第一届委员会主委为汪积恕，副主委为金理文，秘书刘国华，宣传委员彭司勋，组织委员赵守训。1984年8月27日，进行换届改选，支社第二届委员会主委赵守训，副主委杨祯祥，秘书李世壮，宣传委员姜心如，组织委员汤启昭。1986年11月更名为中国药科大学支社。1991年5月换届改选，支社第三届委员会主委赵守训，副主委汤启昭兼组织委员，秘书魏锡云，妇女委员杨琦。另李世壮、姜心如于出国探亲回来后补任委员。1995年11月换届改选，支社第四届委员会主委平其能，副主委汤启昭兼组织委员，秘书曹凤歧，妇女、文教委员姜心如，医卫委员朱好勤。2001年成立第五届支委会，平其能继续任主委，孙大柠任副主委，黄文龙、曹凤歧、彭图婉为支委会委员，其后又于2005年增补周建平和刘建平进入支委会。此时，九三学社药大支社共有成员34名，其中2人为院士（1名中科院院士，1名工程院院士），所有社员都具有高级职称。2006年换届后的第六届支社委员会仍由平其能担任主委，黄文龙和孙大柠为副主委，曹凤歧、周建平、刘建平和彭图婉继续担任支委，分别负责组织发展、科教、文卫和妇女工作。2012年，按九三学社章程中有关基层组织工作的规定，该年度支社进行了新一轮的换届选举，第七届支委会由周建平任主委，黄文龙、孙大柠继任副主委，曹凤岐、刘建平、王秋和钱海为支委会委员。2018年换届后的第八届支社委员会由周建平担任主委，王秋和钱海为副主委，尹莉芳、王德传、赵志英、张杰、霍美蓉、侯艳红担任支委，分别负责组织发展、科教、文卫和妇女工作。2022年底换届后第九届支社委员会，钱海任主委，尹莉芳、侯艳红任副主委，赵志英、张杰、霍美蓉、刘东飞任支社委员，分别负责组织、宣传、女性、科技。

多年来，支社在九三学社省委的领导及校党委统战部的支持下，秉承九三学社“民主、科学”的宗旨，立足本职工作、充分发挥参政议政功能，为我校的学生培养和学科建设与发展出谋划策，为反映社情民意、建立和谐社会畅所欲言。

一直以来，九三药大支社成员均是我校教学和科研工作的中坚力量。近年来，支社成员中有多人获得过国家、省部级“全国优秀教师”、“高校优秀学科带头人”、“省优秀研究生导师”、“红杉树园丁”等荣誉称号；并获得过包括国家科技进步奖一等奖、“何梁何利基金科学技术进步奖”、江苏省和教育部科技进步奖与优秀教学成果奖、国家科技进步（图书）二等奖在内的50余项奖项。由支社成员主持或参加完成的国家和省部级重点项目、攻关项目、863、973、国家新药创制等项目40余项，已获得专利授权、新药证书、科技成果项目鉴定等50余项，为学校争得了荣誉、为社会和企业取得了显著的经济效益。

历年来，支社成员中有多人出任过省、市、区政协委员和市人大代表。彭司勋教授任江苏省九三学社名誉主委、第八届全国政协常委、第七届江苏省政协副主席；平其能主委任九三学社中央委员、省政协委员；黄文龙副主委任九三学社省委委员、省政协委员；彭图婉支委任市人大代表；曹凤岐支委任区政协委员。

支社曾多次被九三学社江苏省委评为“先进基层组织”，并获“为经济建设服务先进集体”、“国际科学与和平周特别贡献奖”、“社会服务先锋”等荣誉和称号。九三学社药大支社始终以旺盛的活力、积极向上的精神面貌展现在全校师生员工面前。

在社省委及学校党委和统战部的指导、支持和帮助下，新一届支委会将继续发扬传统，紧密团结，进一步树立和践行社会主义核心价值观，带领支社全体社员做好参政议政工作，充分发挥民主监督职能，在祖国的社会主义建设和学校的发展中发挥更大的作用。